Η ερευνητική ομάδα του Εργαστηρίου Θαλάσσιας Βιοποικιλότητας και Διαχείρισης Οικοσυστημάτων συνεργάζεται συστηματικά με τα Ινστιτούτα 'Θαλάσσιων Βιολογικών Πόρων και Εσωτερικών Υδάτων', 'Ωκεανογραφίας' και 'Θαλάσσιας Βιολογίας, Βιοτεχνολογίας και Υδατοκαλλιεργειών'  του Ελληνικού Κέντρου Θαλασσίων Ερευνών. Η συνεργασία αυτή υλοποιείται στα πλαίσια ερευνητικών προγραμμάτων (π.χ. Marisca, Protomedea, i-fish) αλλά και διπλωματικών εργασιών ή διδακτορικών διατριβών που συνεπιβλέπονται από ερευνητές του ΕΛΚΕΘΕ. Ανάλογη πολύχρονη συνεργασία έχει αναπτυχθεί επίσης με το Ινστιτούτο Αλιευτικής Έρευνας (ΙΝΑΛΕ, Νέα Πέραμος Καβάλας).

Επίσης, συνεργασία στην Ελλάδα υπάρχει με τους Τομείς Ζωολογίας και Οικολογίας του Τμήματος Βιολογίας του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης, με τον Τομέα Ζωολογίας - Θαλάσσιας Βιολογίας του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών, με τα Τμήματα Βιολογίας του Πανεπιστημίου Κρήτης και Πατρών, με το Τμήμα Γεωλογίας (Εργαστήριο Ωκεανογραφίας), με το Τμήμα Γεωπονίας, Ιχθυολογίας και Υδάτινου Περιβάλλοντος του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας και με τον Φορέα Διαχείρισης του Εθνικού Θαλάσσιου Πάρκου Ζακύνθου.

Εκτός Ελλάδας, υπάρχει διαρκής συνεργασία τα τελευταία χρόνια με πληθώρα Πανεπιστημίων και Ερευνητικών Κέντρων στα πλαίσια ερευνητικών προγραμμάτων. Ενδεικτικά αναφέρονται τα ακόλουθα: Centre of Excellence for Environmental Decisions, Australia; School of Biological Sciences, University of Queensland, Australia; Department of Biology of the University of Naples Federico II; ECOMERS Laboratory, Université Nice Sophia Antipolis; Institut de Ciències del Mar, CSIC, Spain; Thuenen Institute of Sea Fisheries, Germany; Blue World Institute of Marine Research and Conservation, Croatia; Department of Biological Sciences, University of Cyprus, University of Aberdeen, Queen’s University Belfast, Imperial College of Science, Technology and Medicine (UK), University of Cork (IRELAND), Centro Océanografico de Vigo, Instituto de Ciencias del Mar (SPAIN), University of Algarve (PORTUGAL), ICRAM Rome, Università di Genova, Università di Pisa, Università di Lecce (ITALY).

.